個人が支払った特定寄附金のうち、認定NPO法人等に対するものは支払った年分の所得控除として寄附金控除の適用を受けるか、又は一定の算式に基づく金額（その年分の所得税額の25％相当額を限度とします。）について税額控除の適用を受けるか、いずれか有利な方を選択することができます。

「認定NPO法人等」は、一覧が内閣府NPO法人ホームページに記載されています。

税額から控除できる金額は、認定NPO法人等に対する寄付金から2千円を引いた金額の40%です。（100円未満の端数は切り捨てです）

また、控除額の計算上、寄付金の額は控除額の計算上、その年分の総所得金額等の40％相当額が限度とされます。

また、税額控除限度額（所得税の25％相当額）は、公益社団法人等寄附金特別控除の額と合わせて判定します。

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